Yo usé only con imágenes que agregan cada vez más detalles:
\begin{figure} \only<1>{\includegraphics[width=1\textwidth]{images/revision-control-horizontal-1}} \only<2>{\includegraphics[width=1\textwidth]{images/revision-control-horizontal-2}} % ... \only<12>{\includegraphics[width=1\textwidth]{images/revision-control-horizontal-12}} \end{figure}
Eso genera:
El problema es que al generar los handouts genera un slide por imagen.